Основной структурной единицей в системе является сайт. Каждому сайту соответствует собственный домен, например, example.ru, inside.example.ru. Поэтому в стандартных задачах сайт только один. Дополнительные сайты следует использовать в том случае, если нужно выделить в отдельный «подсайт» некий объем информации, или на одной копии системы поддерживать несколько сайтов.
    При поддержке нескольких сайтов на одной копии системы следует помнить, что лицензионное соглашение NetCat разрешает поддерживать несколько сайтов на одной копии только в том случае, если все она фактически принадлежат одному юридическому или физическому лицу – владельцу копии NetCat.
    Внутри сайта структура определяется системой разделов. Каждый раздел может иметь неограниченное количество подразделов, которые, в свою очередь, могут делиться на подразделы. Так реализуется иерархическая структура сайта. Совокупность включенных разделов образует карту сайта.
    Каждый раздел имеет несколько свойств (атрибутов), которые влияют на права доступа к страницам данного раздела, внешний вид страниц, свойства навигации и пр. Состав свойств может дополняться при помощи интерфейса редактирования системной таблицы «Разделы» (см. раздел «Системные таблицы» меню «Разработка»). Большинство свойств характерно как для сайта, так и для раздела.
    Для того чтобы иметь возможность наполнять раздел информацией, необходимо указать компонент (или несколько компонентов), который будет обеспечивать пользователю возможность добавления данных, изменения, а также отображения этих данных. Простейший компонент – обычный HTML-текст, более сложные – каталоги товаров, простой форум, несложные интерактивные элементы, таблицы данных с возможностью поиска по ним, веб-формы и пр.
    Также в системе управления структурой реализовано важное свойство – наследуемость атрибутов. Это означает, что, например, если для некоторого раздела указаны определенные настройки (макет дизайна, уровни доступа, логотип и пр.), то для его подразделов эти свойства будут такими же, если их специально не переопределить. Это позволяет максимально сократить время на ввод и настройку структуры сайта.